Su período de gobierno fue conocido como Segundo Gobierno de la Revolución. Puso en marcha una reforma agraria para promover la modernización del agro y la disolución de las formas de trabajo arcaicas prevalecientes en el campo guatemalteco.
Enfrentado a los intereses de la United Fruit Company y acusado de comunista por la oligarquía guatemalteca, fue derrocado gracias al apoyo militar dado por el gobierno de los Estados Unidos que organizó desde Honduras acciones militares con mercenarios hondureños. Su gobierno progresista fue sustituido por una brutal dictadura militar dirigida por Carlos Castillo Armas.
Guatemala apeló al Consejo de Seguridad de la ONU para que
ordenase el cese del fuego y designase una comisión de observación allí.
Estados Unidos trató de neutralizar la acción del Consejo y referir la cuestión
a la OEA, donde los yanquis tenían mayoría. Pero el voto de la URSS impidió la
maniobra.
