Fue sentenciado a muerte por orden del militar español Pablo Morillo, y aunque suplicó que se le permitiese terminar los importantísimos trabajos científicos en que se ocupaba, no obtuvo clemencia. Cientifico, militar, físico, astrónomo y geógrafo, sentó las bases de la geografía y la botánica en Hispanoamérica, inventó nuevos instrumentos científicos, fue colaborador de Humboldt y del médico y clérigo español José Celestino Mutis en la Expedición Botánica.
También fue el Primer director del Observatorio Astronómico de Santafé, y Publicó el Semanario del Nuevo Reino de Granada.
Además del Semanario, Caldas dirigió y editó, junto con Joaquín Camacho, ya en tiempos de la Patria Boba, en agosto de 1810, El Diario Político de Santafé, que salió cada dos semanas, hasta febrero de 1811, y en el que se publicaron las comunicaciones acordadas por la Junta Suprema de Gobierno, creada después del levantamiento del 20 de julio de 1810.
Finalmente, en 1812, Caldas se comprometió con otra tarea editorial: la publicación del Almanaque de las Provincias Unidas del Nuevo Reino de Granada para el año bisiesto de 1812, tercero de nuestra libertad
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