Su verdadero nombre era Aimé Jacob Alexandre Goujaud, aunque es universalmente conocido como Bonpland, debido al apodo que le dio su padre dada la afición que desde pequeño tuvo por las plantas, apodo y que terminó por reemplazar definitivamente a su apellido.
En 1791 viaja a París a seguir estudios de medicina; allí nace su pasión por la ciencia y especialmente por la botánica. En 1796 se traslada a Rochefort y se inscribe en la Escuela Naval de Medicina donde obtiene el grado de cirujano de tercera clase. Enviado a Tolón, se desempeña por varios meses en el servicio hospitalario marítimo para, finalmente, embarcarse como ayudante de cirujano en el vapor Ajax.
Regresa al año siguiente a París, obtiene su doctorado y continúa sus estudios de ciencias naturales al lado de eminentes naturalistas y botánicos como Antonio Jussieu, quien lo recomienda junto con Alejandro de Humboldt para integrar la expedición científica que estaba organizando el gobierno francés por las llamdas "regiones equinocciales", América del Sur y África, empresa que finalmente no se llevó a cabo.
Sin embargo, ambos científicos no abandonan la idea de la expedición y realizan las diligencias pertinentes para emprender el viaje. Parten a España y consiguen permiso del rey Carlos IV para visitar las colonias americanas. Entre 1799 y 1804, ambos científicos realizan un periplo por España, Venezuela, Colombia, Ecuador, Perú, Cuba, México y los Estados Unidos.
Esta expedición le permitió a Bonpland reunir una colección de más de 60.000 plantas, 6.000 de las cuales eran desconocidas en Europa, herbario que depositó en el Jardin des Plantes de París.
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