En 1858, José Tadeo Monagas renuncia a la presidencia y se asila en el consulado francés.

Tras su reelección se generó en todo el país un descontento generalizado, por lo que los brotes insurreccionales no se hicieron esperar. Por tal motivo, ante el alzamiento promovido en Valencia por el general Julián Castro ("la Revolución de Marzo"), Monagas renuncia a la presidencia el 15 de marzo de 1858, se asila en la Legación de Francia en Caracas y parte al exilio.

Luego de 6 años en el exilio (1858-1864) retorna a Venezuela para agrupar en torno a su persona al grupo de descontentos con la administración del presidente Juan Crisóstomo Falcón, y a pesar de sus 83 años, le toca encabezar la llamada Revolución Azul que derroca a Manuel Ezequiel Bruzual, sucesor interino de Falcón, y ocupa Caracas mediante un reñido combate librado en junio de 1868.

Posteriormente, el 27 del mismo mes, José Tadeo Monagas, en su carácter de general en jefe de los ejércitos de la revolución, dicta un decreto reorganizando la administración ejecutiva general y el 30 promulga un nuevo decreto que declaraba vigente la Constitución Federal de 1864.

Finalmente, se convocaron a elecciones para designar al nuevo presidente de la República, pero el viejo caudillo Monagas, cuya candidatura era la más fuerte, no logró ver culminar el proceso eleccionario y murió a los pocos meses de pulmonía. Sus restos reposan en el Panteón Nacional desde el 17 de mayo de 1877.